Computer hacker Thomas Anderson, met de bijnaam Neo, leeft een relatief normaal doorsnee leven, totdat hij contact krijgt met Morpheus. Morpheus wil hem de "echte" wereld laten zien. Neo denkt dat hij in het jaar 1999 leeft terwijl we meer richting 2999 moeten denken. De wereld is totaal veranderd en wordt beheersd door onze eigen creatie: kunstmatig intelligent leven. De machines hebben een valse versie van de 20e eeuw gecreëerd waaraan ze de mensen hebben gekoppeld. Met dit systeem houden ze de mensen gevangen in hun eigen wereld terwijl we eigenlijk gebruikt worden als slaven. Volgens een oude voorspelling zal er ooit iemand opstaan, "The One", om de mensen te bevrijden. Morpheus denk dat Neo "The One" is.